Thời nhà Đinh, nhà tiền Lê, nhà Lý, và nhà Trần Phật giáo Việt Nam có ảnh hưởng lớn đến các Triều đại. Đã có nhiều vị cao tăng được triều đình trọng dụng như thiền sư Pháp Thuận, Khuông Việt, Vạn Hạnh, Minh Không, Pháp Loa, v.v. ra giúp tham chính và cố vấn, giúp chèo lái con thuyền đất nước trong những lúc khó khăn. Đinh Tiên Hoàng đế lập ra chức tăng thống và Tăng lục để đại diện cho Phật giáo với chính quyền.

Thời kỳ thuộc Minh, khi nhà Hồ chấn chỉnh đạo đến thời thuộc Minh, nhà Minh tàn phá tự viện, đập phá tượng Phật, đốt kinh sách, bắt bớ tu sĩ làm cho đạo Phật bị suy yếu. Tới thời Lê sơ, Lê trung hưng chính quyền Lê, Trịnh tôn sùng Nho giáo kìm hãm Phật giáo, còn miền Nam các chúa Nguyễn lại là các Phật tử nên đã chấn hưng Phật giáo, đạo Phật có một thời gian khới hưng ngắn cho đến hết thời Tây Sơn.

Đến thời nhà Nguyễn, Gia Long cũng lấy Nho giáo làm trọng, Phật giáo bấy giờ bắt đầu suy vi mãi đến khi phong trào chấn hưng Phật giáo được phát động.

Vào cuối thời chống Pháp dưới chính thể Quốc gia Việt Nam năm 1951 Tổng hội Phật giáo Việt Nam ra đời. Đây là tổ chức đầu tiên với ý định thống nhất các tổ chức Phật giáo rời rạc. Tổng hội thành công trong việc liên kết các tự viện Đại thừa khắp ba miền Nam, Trung, Bắc. Tuy nhiên Tổng hội không có cơ cấu điều hành ngoài việc mở đường liên lạc.[14]

Khoảng thập niên 1960 Phật giáo đấu tranh chống lại chính quyền Việt Nam Cộng hòa dẫn đến Biến cố Phật giáo, 1963. Hiến chương 1964 đặt nền móng cho Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất, một tổ chức quy tụ nhiều giáo phái ở phía nam vĩ tuyến 17 thành một lực lượng tôn giáo đáng kể.

Năm 1958 tại miền bắc, Đảng Lao động Việt Nam cho phép thành lập Hội Phật giáo Thống nhất Việt Nam[15].

Sau năm 1975, mãi đến năm 1981 chính quyền mới cho phép thành lập Giáo hội Phật giáo Việt Nam, tổ chức Phật giáo duy nhất là đại diện cho Phật giáo tại Việt Nam, là thành viên của Mặt trận Tổ quốc Việt Nam. Giáo hội được thành lập vào ngày 7 tháng 11 năm 1981 tại chùa Quán Sứ, Hà Nội, trên cơ sở hợp nhất tất cả tổ chức Phật giáo trong nước. Hiện nay đệ tam Pháp chủ của Giáo hội Phật giáo Việt Nam là Trưởng lão Hòa thượng Thích Phổ Tuệ.